「桓武天皇の生母が百済の武寧王の子孫であると、続日本紀に記されていることに、韓国とのゆかりを感じています」

明仁上皇は２００１年６８歳の誕生日記者会見で、天皇家が韓国と血縁関係があることを認める発言をしていた。日本史専門家のケネス・ルオフ氏（ポートランド州立大学教授）は朝日新聞とのインタビューで「『純粋な日本民族』や『万世一系』を重視する人々は、衝撃を受けただろう」と話し、この出来事を一番興味深く感じたと伝えた。

明仁上皇は在任中、韓国に親密感を表わす発言を何度もしている。明仁上皇は文化や技術、仏教などが韓国からもたらされたことに触れながら「韓国との交流は、このような交流ばかりではありませんでした。このことを、私どもは忘れてはならないと思います」とし、侵略戦争と植民支配に対する考えを述べた。１９９０年に盧泰愚（ノ・テウ）大統領が訪日した際には、日本の植民支配に対して「痛惜の念を禁じえません」と言及した。１９９７年に金大中（キム・デジュン）大統領が訪日した際には「わが国が朝鮮半島の人々に大きな苦しみをもたらした時代がありました。そのことに対する深い悲しみは、常に、私の記憶にとどめられております」と謝った。一部からは、明仁上皇が今後、韓国訪問を推進するのではないかとの見方も出ている。