両国が優先的に交換する情報は北朝鮮の核・ミサイル分野。国防部のパク・チョルギュン国際政策次長は「韓日米情報保護協定に基づいて最近、米国経由で提供された日本の北スカッドＥＲミサイル分析情報は非常に有益だった」と述べた。


日本が保有する偵察衛星５機は北朝鮮の弾道ミサイルの動向収集に役立つとみられる。現在米国の偵察衛星は韓半島（朝鮮半島）上空を一日２、３回ほど通過するため、北朝鮮弾道ミサイルの動きを把握するのに限界がある。特に今回の情報保護協定は北朝鮮が開発している潜水艦発射弾道ミサイル（ＳＬＢＭ）への対応にも効果的だ。北朝鮮が慶尚北道星州（ソンジュ）に配備される高高度ミサイル防衛（ＴＨＡＡＤ）体系の迎撃範囲を避けてＳＬＢＭを発射するには、独島（ドクト、日本名・竹島）近隣まで潜水艦を送る必要がある。その場合、日本の海上哨戒機（Ｐ－３Ｃ）７７機と潜水艦に探知される可能性が高い。