火災の直後、木浦海警所属３００９艦は消火砲を使って鎮火に入った。またＳ号に乗っていた船員１７人のうち１４人を救助し、３００９艦に乗せた。しかし鎮火を終えた海警が船内を調べていたところ、午後１２時２分ごろ、中国船員３人（３０代１人、５０代１人、６０代１人）が機関室内の床にうつ伏せになった状態で見つかった。３人の呼吸と脈拍を確認できず海警は直ちに心肺蘇生術を実施したが、午後３時４６分ごろ死亡した。３人に特に外傷はなかった。海警は煙で窒息死したとみている。Ｓ号に火災が発生した海上は韓国側ＥＥＺ。


これに先立ち海警は火災発生前のこの日午前９時２０分からマニュアルに基づき３回以上の停船命令を出した後、検問しようとしたが、船員は応じず逃走しようとした。このため海警検索チームはＳ号に乗り込んだ。船員は検問を避けるために操舵室を閉鎖して抵抗した。海警は強い光と爆音を出す閃光爆音弾３つを操舵室の中に投げた。２発が爆発し、１発は不発だった。その後、操舵室付近で火災が発生した。