上田氏は日本の建国神話が韓国の檀君神話の影響を受けていると主張した。「歴史は事実を正確に記述することが重要で、理念に基づいて歴史を書かなくてはならない」として日本の教科書に独島（ドクト、日本名・竹島）領有権の主張を記述することにも反対した。上田氏はまた、韓半島（朝鮮半島）から渡ってきた人々を指す「帰化人」という表現が「日本中心的だ」と指摘しながら、「渡来人」という表現を定着させるのに貢献した。


百済と日本の皇室の血縁を研究するなど、ゆがめられた韓日古代交流史の真実も暴いたという評価を受けている。２００１年、明仁天皇が「桓武天皇の生母が百済の武寧王の子孫であると続日本紀に記されていることに韓国とのゆかりを感じます」と述べたことはあるが、これはすでに１９６５年上田氏が研究していた内容だった。このため、右翼から「国賊は京大を去れ」などの嫌がらせの手紙を受け取ることもあった。