北朝鮮が２００４年に日本に送った拉致被害者の横田めぐみさんの遺骨は日本側ＤＮＡ検査結果、偽物と発表された。国民の不信が大きくなり、日本は拉致被害者の安否に対する再調査を求め続けてきた。今回、日本は国家が公認した１７人の他に北に拉致されたと疑われる「特定失踪者」に対する調査も求め、北朝鮮も肯定的な反応を見せたという。北朝鮮と日本は２００８年にも実務者級で「拉致再調査と制裁緩和」に合意したが、日本の首相が変わったことでうやむやになっていたことがある。

日本経済新聞は「日本が拉致問題の進展を理由に制裁緩和を断行する場合、核・ミサイル問題で北朝鮮に強硬姿勢を見せている米国・韓国との連帯に影響を与えかねない」と懸念した。今回の非公式協議の時点が韓日米６カ国協議首席代表のワシントン会合（７日）の直前、それも北朝鮮の提案で実現したという点からして微妙だ。実際、この会合で日本側代表は具体的な朝・日協議の内容を韓米に伝えず、韓米の代表は「朝・日協議の透明性」を日本に求めた。日本経済新聞は「今月下旬、オバマ米大統領の日韓訪問を控え、韓日米の提携を妨げるというのが北朝鮮の意図でもある」と分析した。

敏感な懸案であるだけに、日本政府も報道を否認し、言葉を控えた。菅義偉官房長官は報道に関し、「全く知らないことであり、そういう事実もないと聞いている」と述べた。また「５、６日に非公式協議があったのか」という質問には、「私は知らず、事実ではないものと…」としながらも「知っていてもコメントは避けたい」と話した。

「北、拉致問題の調査を用意…日箖、制裁緩和を検討」（１）