監査院が指摘した問題は、崇礼門復元設計で瓦と屋根骨格の間の空間を土ではなく石灰を使用して埋めたという点だ。 文化財庁は０９年７月、崇礼門復旧諮問団技術分科会議で、この方法を採択したが、これが通風と空気の循環を妨げ、木材を腐食させると指摘された。 これは、雨が漏れたり瓦が落ちたりするのを防ぐため１９６０年以降に考案された方式だが、火災が発生すれば内部の火を消火しにくくなるというのが、監査院の説明だ。 これを受け、監査院は伝統方式通りに「補土」を厚くするのがよいと提示した。


また監査院は、これまでの文化財補修工事で伝統瓦ではなく工場で製作された瓦を使用した点も問題視した。 文化財庁は、伝統瓦が古風でよいが品質が均一でないという理由で、文化財補修工事に伝統瓦より２倍ほど重い工場瓦を使用してきた。 監査院は「景福宮勤政殿（２００３年）、光化門（２０１１年）などの工事で３０２３平方メートルの面積に工場の瓦を使ったため、文化財の原形が損なわれ、伝統瓦の生産の脈が途切れるおそれがある」と指摘した。