研究所にあった韓牛が口蹄疫に感染した以上、種牛はもちろんすべての偶蹄類1100頭余りを殺処分しなければならない。この研究所は当時優良韓牛と貴重品種の韓牛、乳牛、豚など偶蹄類1100頭余りを飼育していた。だが、口蹄疫検査をした国立獣医科学検疫院はもちろん農林水産食品部さえこの事実を知らずにいた。研究所が検査を依頼しながら所長の名前と住所だけ記入しあたかも個人農家に見えるようにしたためだ。
研究所側は時間を争わなければならない殺処分埋却も6日が過ぎた11日まで完了しなかった。チョン所長は「現在670頭を殺処分埋却した。自らの人材と装備で解決したため遅れているが急いで終えたい」と話した。研究所の口蹄疫発生で種子改良などすべての試験は中断された。また、優良種豚生産と普及、精液供給もこれ以上できなくなった。
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