北朝鮮の延坪島（ヨンピョンド）砲撃事件を機に日本政府のずさんな情報統制体制が問題視されている。日本政府は２３日午後２時３４分に北朝鮮が砲撃を開始して１時間もたたずに首相官邸危機管理センターに情報連絡室を設置するなどすばやい動きを見せたようだった。菅直人首相は午後４時４５分に官邸に出てきて状況把握に乗り出した。この時菅首相は記者らに、「報道を見て知った。午後３時３０分ごろに秘書官を通じて報告を受けた」と話した。２４日付産経新聞は、「首相が確認した事件の第一報が、報告ではなく報道だったことを認めたもの。政府の情報収集体系に問題がある」と非難した。今月初めにロシアのメドベージェフ大統領が日ロ間の領土紛争地域となっているクリル列島のクナシル（日本名・国後島）を電撃訪問した時も日本政府は「報道を通じて初めて知った」と発表したことがある。

産経は政府のずさんな報告体制とともに、関係閣僚らの招集時間も遅かったと指摘した。公休日（勤労感謝の日）という点を考慮しても、北沢俊美防衛相が防衛省状況室に到着した時間は午後５時を過ぎてからだった。産経新聞は、「防衛相が午後４時を過ぎても防衛省に現れないので首相が（早く登庁するよう）直接指示を与えた」と伝えた。

政府報道官の仙谷由人官房長官も首相の呼び出しを受け首相官邸で開かれた非常会議に参加したと分かった。産経は、「今後の日本政府の対応方針を決める関係閣僚会議も状況発生６時間後の午後９時を過ぎて開かれた。菅内閣の危機管理意識がどれだけ希薄なのかを見せるケースだ」と皮肉った。